蔭香旗被使用於「西港香」期間，在臺南縣西港鄉慶安宮每三年一科的迎送代天巡狩的千歲爺，稱為「刈香」活動，通稱「西港香」。西港香在第一日「請王」後，第二日便需到臺南市鹿耳門天后宮「請媽祖」，又稱「請水」。這時鹿耳門天后宮的人員，便會在廟埕舉出大型的「蔭香旗」旗隊，來迎接西港香的王駕等神轎蒞臨，當請完鹿耳門的媽祖後，也依然會以蔭香旗恭送王駕等離去。
所謂蔭香旗便是來自西港香中很重要的意義：「千歲爺巡掃，媽祖蔭香路」，亦即所有的香境路線中之不潔邪祟，都在千歲爺繞境出巡的掃蕩下被驅離，而慈悲的媽祖則再庇蔭香境路線，合境平安。蔭香旗有分大型與小型，大、小型者頂端皆有一紙傘，大型者旗面長約有兩人高，寬約其三分之一，由廟中派人員持舉；小型者旗面長約58公分，寬約14公分，可讓信眾持舉。上印有「天上聖母合境平安」，下印有「蔭香旗」，底下並壓有太極八卦符字，桿旁再印有「臺南市鹿耳門天后宮」的字樣，蔭香旗的邊緣又印有五行五色（綠、紅、黃、白、黑），亦有驅邪保平安的作用。後來於民國九十五年丙戌科的西港香中，臺南市鹿耳門天后宮則又推出「蔭福旗」，讓民眾買取，用以祈請媽祖帶來福蔭。