清水祖師歷來即為安溪縣民的主要守護神，幾乎只要有安溪縣籍移民的地方也會有清水祖師廟的成立，相傳臺北縣三峽鎮長福巖清水祖師，當初是由一群分布於三角湧、石頭溪、海山口、鶯歌石、中庄、二甲九、橋仔頭等古地名的安溪縣籍移民所奉迎來的，時間是於清乾隆三十二年（1767）自泉州府安溪縣蓬萊鄉清水巖所奉迎而來的。
三峽祖師廟自乾隆年間首度創建，但因大地震而原廟被毀，並曾於道光十三年（1833）重建；及至中日甲午戰後馬關條約割臺與日，而三峽鄉民不願異族統治以祖師廟和媽祖廟為抗日據點，結果導致祖師廟被日軍焚毀，而於明治三十二年重建（1899）；現今之祖師廟則於民國三十六年（1947）由著名畫家李梅樹主持重建而成，並融合許多藝術家之作品來裝點傳統廟宇，異於一般傳統廟宇之建築特色。
且隨著歷史的發展，三峽祖師廟之祭祀組織，則形成以劉姓（一股）、大雜姓（二股）、陳（三股）、林（四股）、中庄雜姓（五股）、李姓（六股）、王姓（七股）等七股逐年輪值主持廟務，以及每年農曆正月初六的祖師聖誕祭祀活動，尤其是當值之姓氏股內的信眾得報名競賽養豬公，並於祖師聖誕前評定名次，再於正月初五殺豬公敬神，趕上翌日神誕日時，以特製的華麗豬公棚車將神豬裝飾起來，頭上插著一對金花、脖子再圍上一長串的絭錢（閩南語稱絭項錢），豬公棚上或懸掛親友致贈的金牌，神豬生前的照片等等，而祖師廟前也會搭起醮壇祈安慶典。由於清水祖師聖誕正月初六正逢新春時節，是時各地進香與祝賀的香客團體也紛紛湧入三峽，形成一股融合虔誠與熱鬧的歡樂氣氛。