淡水清水巖建於日據昭和6年（1931），主神奉祀於清代渡臺而來的泉州府安溪縣蓬萊山清水寺之清水祖師金身。該神像被尊稱為「蓬萊老祖」，其渡臺的歷史有許多種說法，大致分為兩類：一是在滬尾街上開店的翁種玉，曾遇到一名旅費被竊的安溪清水寺僧人，翁氏乃募款資助該名和尚，和尚乃把攜來的祖師神像留給翁家；二是淡水山區興福寮的幾名人士，以挑菅芒草維生，一連三日都在淡水碼頭遇見安溪清水寺的和尚向他們化緣，無奈只好以三擔菅草換取祖師神像，俟後神像被翁家買斷。祖師神像起先奉祀於翁氏祖廳，後因參拜不方便才移至翁家「濟生號」的店舖內。剛開始僅是安溪籍人士祭拜，直到清領末期、日據初期開始，才逐漸擴大到整個淡水街上和鄰近的聚落。故於昭和6年（1931）成立「淡水清水巖祖師廟興建委員會」，並於現址興建清水巖祖師廟。祖師為指醒蒼生災厄，屢以落鼻示警，因此蓬萊老祖亦稱為「落鼻祖」（又稱「落鼻老祖」，簡稱「老祖」）。
蓬萊老祖在光緒10年（1884）中法戰爭期間，庇祐福建陸路提督孫開華擊退法軍，光緒帝因此頒賜「功資拯濟」御匾，此匾卻引發淡水、艋舺兩地為了爭奪老祖神像而於日據時代對簿公堂，結果判決老祖神像每年的雙月駐蹕淡水，單月則駐蹕艋舺。只是淡水人替祖師舉行慶典的時間為五月，相互協調之下，蓬萊老祖神像於五月駐蹕淡水，六月則在艋舺。
淡水五月初六祭典的由來，據吳勝雄《北門鎖鑰》一書所描述，日據時期因瘟疫肆虐，信徒請求祖師公出巡掃除災疫，經地方頭人決議後擇於端午節隔天舉行，這樣一來可以利用準備端午節的供品祭拜，減少居民的負擔外，況且當時正為農閒，故有較多的時間做準備。
在三十多年前清水祖師的暗訪和日巡，蓬萊老祖轎班以淡水鎮火車站苦力工人組成、蓬萊大祖轎班則為計程車公會組成（後因計程車行沒落，由吉美車行老闆洪傳吉發起「蓬萊大祖會」）、蓬萊二祖轎班為小貨車公會組成，是淡水鎮最熱鬧的廟會活動，今外地人仍稱「淡水大拜拜」。
清水巖建廟前即有今老二祖和老三祖的神像，在暗訪開始之前，廟方會關起老三祖的輦轎，先是在廟埕安五營後，再與法師預先巡視繞境的範圍，並在此範圍的四個角落焚燒紙錢，有燒給兵將的金紙以及安奠孤魂的用的經衣、銀紙以及信徒的替身和補運錢，在法師一陣作法之後，象徵將凶煞結界於境外。不論是暗訪還是日巡，在老三祖輦轎尚未通過之前，暗訪的陣頭是不能前進的。