明代時期澎湖漢人不多，一時淪為海盜基地，毫無防備。萬曆三十二年六月（1604年），荷蘭船隊直抵澎湖，荷人就以澎湖為貿易基地，要求互市通商，盤據不去。朝廷派遣浯嶼都司沈有容來澎湖，與荷人交涉撤兵。沈有容軟硬兼施，荷蘭人才於該年底撤離澎湖，後立碑記其事。到了天啟元年（1621年），荷人又入侵澎湖，居民恐石碑遭破壞，藏之於地下。這次有計畫地在澎湖風櫃尾建造城堡，天啟四年（1624年）明軍攻至城下，荷人被迫自行拆毀城堡離去。此時卻轉進臺灣，到了臺南開始興建熱蘭遮城（Zeelandia），這是荷人經營臺灣之肇始。
日據時期大正八年（1919年），澎湖天后宮修建時，自祭壇桌下意外挖出埋了近三百年的舊碑，現置於天后宮的清風閣二樓，這是目前全臺灣現存最古老的石碑。碑文中提到荷人登陸之後，立即伐木築舍，是澎湖最早有西方人建築之記錄。石碑以花崗岩雕刻而成，長一百九十四公分、寬二十九公分，重量超過兩百多公斤。
