頭旗又稱為先鋒旗、佈兵旗。頭旗也是最重要的開路神器，具有指揮進香隊伍之外，還具有除煞、開路的功能，所以特別強調陽剛的神聖性，旗桿多用方天畫戟或槍（劍尾）兵器的形式展現。頭旗一般是用紅底絨布繡織而成，有正方形、長方形或三角形，旗上繡有主神神號及龍鳳等圖案，代表主神的前哨令，遇到其他的神祇，頭旗可代表主神相互接禮。有時也有用令旗為之，南部地區許多武神出巡繞境時用令旗在前面擔任頭旗，具有掃路驅邪的作用。
頭旗上面繡有地名、宮名及其神名，為整個隊伍的前導，所以有人將頭旗視為象徵主神晝間之權威，而頭燈則視為夜間之權威，即「晝旗夜燈」。頭旗在廟會場合當中，不但具有告知信徒大眾主神將到的作用，更可由頭旗和繡旗的數量、氣勢展現宮廟的勢力與特色，臺南地區尤甚，有「府城迎媽祖，百百旗（奇）」的諺語為證。
由於頭旗是代表主神的旗幟，出陣時特別慎重。在豎旗、駐駕時都必須豎立在廟宇左邊龍柱大邊，且旗面祇能朝外。頭旗進香前還需備牲禮祭拜，稱為「放頭旗」。行進途中頭旗組配有一面鑼，以便與大轎班的鑼聲互相聯繫呼應，保持距離。行進路線依循「有進無退」之規定，進香途中駐駕過夜時頭旗需在媽祖神轎附近，並等待「頭旗」駐紮後才能「下馬」，早上「起馬」要在頭旗出發前。入廟更是頭旗的重點，入廟當天將香旗（號稱旗王）取出與頭旗並列前進，以衝跑方式入廟，達到進香活動的高潮，進香結束後還有收旗儀式。
